Nature重磅丨ONT数据组装T2T基因组登顶主刊
华命生物从2025年4月份开始，就使用hifiasm（ONT）进行了大量样本的测序和组装，绝大部分项目都组装到了0gap甚至是完整T2T，我们以部分真实项目为例，为大家介绍这一方法的使用。
华命生物--T2T基因组学研究专家。华命生物目前已成功完成90+物种的T2T基因组组装，物种涵盖动物、植物、昆虫及同源和异源多倍体等疑难物种，已有多个合作项目在顶级期刊发表和接收，欢迎有需要的老师垂询。联系方式：18371456025。
2025年4月14日，耶鲁大学医学院的李恒老师团队在预印版平台bioRxiv上线“Efficient near telomere-to-telomere assembly of Nanopore Simplex reads”的相关论文，文中推出hifiasm（ONT），这是首个仅需普通测序数据（ONT标准读长simplex测序数据）即可生成T2T（near-T2T）组装的算法。
2026年2月4日，本文正式在Nature上线，这是近几年少见的基因组组装方法学文章登顶Nature主刊，足见这一方法的重要性，这是推动T2T基因组组装从“高要求高投入”到“常规应用”的关键一步。
一、该方法主要突破
01 技术突破：开发了创新的动态规划算法，有效解决了ONT标准读长中重复性测序错误的纠错难题，从而绕过了超长读长的限制。
02 计算效率：相比现有方法（如Verkko+HERRO），计算速度提升了一个数量级，且仅需CPU，无需高性能GPU，极大降低了使用门槛和成本。
03 组装质量：使用50×的ONT普通读长，能在人类样本上实现9至22条染色体的端粒到端粒完整组装，且在基因组连续性和复杂区域解析上表现优异。
04 应用拓展：DNA样本量和测序成本大幅降低，使得大量无法培养细胞系的临床样本、稀有物种、古生物样本和大群体所有样本的T2T（near-T2T）基因组组装成为可能。
二、华命生物项目经验
华命生物从2025年4月份开始，就使用hifiasm（ONT）进行了大量样本的测序和组装，基因组大小从300Mb-24Gb不等，绝大部分项目都组装到了0gap甚至是完整T2T，验证了这一组装算法先进性的同时，也积累了大量的项目经验，我们以部分真实项目为例，为大家介绍这一方法的使用。
以六个动物和植物基因组hifiasm（ONT）测序组装为例：
01物种和测序情况
02使用hifiasm（ONT）组装情况
03部分样本的组装质量蜗牛图
04测序策略推荐
基于大量的项目经验，对于hifiasm（ONT）的测序数据，我们推荐按照以下策略：
欢迎想要尝试hifiasm（ONT）的老师咨询：18371456025（微信同号）。我们将基于我们海量项目经验，给出最合理的测序策略和尽量组装最完整的T2T（near-T2T）基因组。