月刊 | 3月泛基因组文献合辑
【英文标题】Gapless pangenome analyses reveal fast Brassica rapa subspeciation
【发表期刊】Nature Genetics
【发表时间】2026.03.20
【研究内容】本研究组装了1个高质量T2T参考基因组和27个near-T2T基因组，建立了较为完整的陆地棉泛基因组和结构变异图谱。以1,671份陆地棉种质资源为基础，从中组装获得28个代表性基因组，包括1个高质量T2T参考基因组NDM13和27个near-T2T基因组。通过整合PacBio HiFi、ONT超长读长、Hi-C和Illumina测序数据，成功构建了约2.29 Gb的T2T基因组，并将其锚定到26条染色体上，进一步解析了端粒、着丝粒和45S rDNA等复杂区域。与已有参考基因组NDM8相比，NDM13填补了全部组装缺口，新鉴定出93个基因，并显著提高了片段重复（SD）区域的解析精度。与此同时，其余27个近T2T基因组在完整性和准确性方面也表现出较高水平，整体组装质量与NDM13接近。
【英文标题】A sorghum pangenome reference improves global crop trait discovery
【发表期刊】Nautre
【发表时间】2026.03.11
【研究内容】研究构建了高粱泛基因组并整合大规模重测序数据，系统解析了遗传多样性及其在性状形成中的作用。通过升级参考基因组并建立包含33个基因组的泛基因组框架，揭示了丰富的结构变异与基因内容差异。在此基础上，对关键驯化基因进行群体分析，阐明了多次独立驯化及基因流动对遗传结构的影响。景观基因组分析进一步表明，气候因素，尤其是干旱，与人类介导的基因流共同驱动了高粱的适应性分布。最后，通过解析蜀黍苷生物合成基因簇的遗传变异及其与环境和表型的关联，揭示了代谢通路在抗逆性与农艺性状形成中的关键作用。
03 Genome Biology | 槭树科泛基因组
【英文标题】The pan-genome provides insights into evolutionary dynamics and fatty acid metabolism in Aceraceae family
【发表期刊】Genome Biology
【发表时间】2026.03.31
【研究内容】本研究经Illumina、PacBio HiFi 及Hi-C 测序组装基因组，基因组大小为543.40Mb-1070.63Mb，contig N50 平均23.13Mb，预测蛋白编码基因27,377-34,967个，BUSCO平均完整度98.6%，组装质量优于现有参考基因组。通过组装6个高质量槭属基因组，结合已发表7个基因组，对13个槭属物种构建泛基因组；并结合134份鸡爪槭栽培种重测序，揭示了与关键生物合成通路相关的重要结构变异，鉴定了影响脂肪酸（含神经酸）积累的遗传位点。
04 Horticultural Plant Journal | 油菜泛基因组鉴定SBT基因家族
【英文标题】Pan-genome-wide identification and co-expression analysis of rapeseed SBT genes reveals that BnaSBT1.4 negatively regulates the salt-stress response
【发表期刊】Horticultural Plant Journal
【发表时间】2026.03.24
【研究内容】本文主要围绕甘蓝型油菜SBT基因家族开展泛基因组与功能研究。研究基于17个油菜基因组，系统鉴定出1844个SBT家族成员，并划分为82个直系同源基因组、6个亚家族，解析了其保守性、拷贝数变异、复制方式及胁迫表达特征。在此基础上，作者筛选出盐胁迫诱导表达的BnaC01.SBT1.4，结合转基因、RNA-seq和共表达网络分析，证明其负调控油菜耐盐性，并推测其可能通过NCED4、bHLH80等关键基因参与ABA与活性氧相关调控，为培育高产耐盐油菜品种提供了候选基因资源
