一、产品简介

T2T泛基因组是泛基因组的升级版本。除了能构建比泛基因组更完整的核心基因集（core-gene）和非核心基因集（dispensable/variable gene）外，基于每个样本都是完整的T2T（near-T2T）组装，可以更完整的解析各样本间结构变异（SV）情况，尤其是TE等重复序列关联的SV。同时还可以更深入解析复杂区域，如着丝粒，近端粒区等在样本间的差异情况。此外还可以构建更为完整的Pan-TE、NLRome和RLKome等泛重复序列和泛基因家族，目前已经有多篇泛T2T基因组内容发表在Nature、Science和NG等国际著名期刊。

 

二、T2T泛基因组研究内容

 

三、T2T泛基因组文献一：白菜T2T泛基因组解析着丝粒与快速分化（点击标题查看完整解读）

【英文标题】Gapless pangenome analyses reveal fast Brassica rapa subspeciation

【发表期刊】Science

【发表时间】2026年02月05日

【研究内容】研究以白菜为模型，构建了目前最完整的端粒到端粒（T2T）无缺口泛基因组资源，解析其短期驯化过程中快速亚种分化与形态多样化的基因组基础。通过对1720份材料重测序及11份代表性材料的T2T组装，鉴定出6992个新基因、110个完整（近）着丝粒及5类新的卫星序列，构建了高质量的着丝粒与SV图谱，揭示卫星序列动态与着丝粒演化密切相关。基于图结构泛基因组分析，发现大量以存在-缺失变异（PAV）为主的SV，并鉴定出与白菜、菜心和芜菁分化相关的候选PAV。结合pan-GWAS与遗传验证，确定A07染色体上的关键基因BrLH1调控大白菜结球性。研究表明，卫星/着丝粒动力学与SV协同驱动白菜快速形态分化，并为育种提供重要资源。

   

四、T2T泛基因组文献解读二：番茄T2T超级泛基因组解码抗逆基因 （点击标题查看完整解读）

【英文标题】A tomato telomere-to-telomere super-pangenome empowers stress resilience breeding

【发表期刊】Nature Genetics

【发表时间】2026年02月18日

【研究内容】本研究构建了高质量番茄T2T超级泛基因组，整合野生与栽培资源，系统解析了全基因组结构变异及着丝粒特征，揭示了番茄类群的遗传结构与进化关系。基于图形泛基因组开展SV-GWAS，克隆并验证了灰霉病抗性基因SlGMAK，并挖掘出多个与抗性和耐盐性相关的关键变异位点。同时构建泛NLRome和泛RLKome，拓展了抗病基因资源。研究为恢复驯化过程中丢失的遗传多样性、推动番茄抗逆分子育种提供了重要基因组基础与理论支撑。

 

五、资料分享

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